Unter den Ninjas gibt es verschiedene Ränge. Kinder, die noch nicht auf die Ninja-Akademie gehen, sind zunächst noch Anwärter. Mit dem Besuch der Akademie, auf der Grundkenntnisse vermittelt werden, werden sie zu Akademieschülern. Nach dem Abschluss einer Prüfung werden sie „Genin“ (下忍). Sie werden einem Ausbilder anvertraut und führen einfache Aufträge aus.

Um ein Chūnin (中忍) zu werden, müssen Ninjas erneut eine Prüfung ablegen. Diese findet zweimal im Jahr statt und bedarf gewisser Voraussetzungen, wie acht erfolgreiche Missionen und eine Empfehlung des Ausbilders. Die Prüfung ist zugleich ein Wettbewerb zwischen den Dörfern und zeigt deren Stärke. Chūnin werden als Anführer von Ninja-Gruppen eingesetzt, als Ausbilder in der Akademie oder auch mit Verwaltungsaufgaben betraut. Über ihnen stehen die Jōnin (上忍), die die Elite des Dorfes darstellen. Sie beherrschen viele Kampftechniken und werden auch zur Ausbildung von Genin eingesetzt.

Neben diesen Haupträngen gibt es noch weitere Arten von Ninja: So die ANBU (暗部, 暗殺戦術特殊部隊, Ansatsu Senjutsu Tokushu Butai), die eine Art Spezialeinheit darstellen und zumeist Straftäter unter den Ninja jagen. Sie tragen weiße Masken, die Tiergesichtern ähneln, um unerkannt zu bleiben. Des Weiteren gibt es zum Beispiel noch Medi-Nins (Medizin-Ninjas), Koch-Ninjas oder Kurier-Ninjas.

Außerhalb der Ninja-Ränge stehen die Nuke-Nin (Verstoßene Ninja). Sie sind Kriminelle, nach denen gefahndet wird. Die Akatsuki ist eine Verbrecherorganisation, die aus besonders mächtigen, abtrünnigen Ninja besteht. Das Markenzeichen der Akatsuki sind ihre schwarzen Mäntel, auf die rote Wolken gestickt sind, Ringe mit unterschiedlichen Symbolen aus der chinesischen Astrologie, und das durchgestrichene Symbol ihres ehemaligen Dorfes auf ihrem Stirnband.